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Erstmals wird eine Orgel 1397 in einer Urkunde des Aegidienklosters erwähnt. Michael Prätorius beschreibt in seiner Organographia detailliert eine um 1456 erstellte Orgel eines Meister Andreas. 1637 baute Jonas Weigel, ein Schüler und Geselle von Gottfried Fritsche, ein neues dreimanualiges Instrument mit 31 Registern, das bis zu seinem Abriss 1817 (die Kirche wurde 1811 säkularisiert) wegen seiner Klangqualitäten gerühmt wurde. Die 1836 als Konzertsaal genutzte Aegidienkirche erhielt eine neue Orgel zur Begleitung von Oratorienaufführungen und für Orgelkonzerte. Diese Orgel hielt sich bis 1871, als französische Kriegsgefangene in der Aegidienkirche einquartiert wurden.

Seit 1948 wird die Aegidienkirche wieder für katholische Gottesdienste genutzt. Ein Orgelplan des namhaften Sachverständigen Dr. Walter Supper wurde von der Fa. Dutkowski nur im ersten Bauabschnitt ausgeführt, in dem das Rückpositiv erstellt wurde. Dieses Provisorium hielt 17 Jahre. Die Aufstellung im südlichen Querhaus erwies sich aber als akustisch ungünstig. Nach Messungen von Dr. Lottermoser von der Physikalisch-technischen Bundesanstalt ergab sich die Westwand als günstigster Orgelstandort. Im Januar 1963 entschied man sich, den Auftrag für ein dreimanualiges Instrument mit 45 Registern an die Fa. Klais in Bonn zu vergeben. Diese Orgel, am 21. Februar 1965 eingeweiht, besteht unverändert bis heute und wurde lediglich mit einer elektronischen Setzeranlage ergänzt. Ihr runder und harmonischer Klang sowie ihre geschickte Disposition, ihre interessanten Klangfarben und ihre zuverlässige Technik ermöglichen die authentische Darstellung verschiedenster Musikstile und -typen. Das Instrument nimmt in der Braunschweiger Orgellandschaft einen besonderen Rang ein.